Le CRRA de Tanger est organisé en quatre types de structures selon la nature des missions qui leurs sont assignées :
Structures de recherche :
o Unité de Recherche sur les Productions animales (URPA) 
o Unité de Recherche sur les Techniques Nucléaires Environnement et Qualité (URTNEQ)
Structure de liaison :
o Service de Recherche – Développement 
Structures d’appui à la recherche :
o Service Administratif 
o Domaine Expérimental de Boukhalef – Bougdour 
o Station de Larache
Structures de concertation :
o Comité Scientifique et de Gestion et Conseil Régional Consultatif d’Orientation de la Recherche.
Le Centre est également doté d’une agence comptable déléguée.