Le CRRA de Tanger est organisé en quatre types de structures selon la nature des missions qui leurs sont assignées :

Structures de recherche :

- Unité de Recherche sur les Productions animales (URPA) 

- Unité de Recherche sur les Techniques Nucléaires Environnement et Qualité (URTNEQ)

- Unité de Recherche Développement des Systèmes Agricoles Résilients du Rif Central (URDSAR)

Structure de liaison :

- Service de Recherche & Développement 

Structures d’appui à la recherche :

- Service Administratif 

- Domaine Expérimental de Boukhalef – Bougdour 

- Station de Larache

- Station de Beni Boufrah

Structures de concertation :

Comité Scientifique et de Gestion et Conseil Régional Consultatif d’Orientation de la Recherche.

Le Centre est également doté d’une agence comptable déléguée.